Les deux cent quatre-vingt-dix chambres et suites du Palace Hotel Tokyo sont distribuées sur les étages huit à vingt-trois, avec une proportion de soixante pour cent de chambres dotées d'un balcon privé — un ratio sans équivalent dans l'hôtellerie de luxe de centre-ville japonaise. Depuis ces balcons, la vue sur les douves du Palais Impérial, les jardins du Kokyo Gaien, le Parc de la Fontaine Wadakura et, par temps clair, la silhouette du Mont Fuji à l'horizon occidental, constitue une expérience que les étages intermédiaires rendent particulièrement intimes — les arbres centenaires des jardins impériaux sont à hauteur de regard depuis les niveaux dix et onze, ce qui n'existe nulle part ailleurs à Tokyo. Les intérieurs en tons de terre, bois doux, tissus chauds et linge japonais de qualité traduisent le concept Grand Residence dans chaque chambre. Les tuiles de Shigaraki originales, patrimoine du premier Palace Hotel, ont été conservées dans certains espaces de la façade — un fil de continuité entre l'hôtel de 1961 et celui de 2012.

Le Palace Hotel Tokyo propose dix restaurants et bars dont les orientations couvrent l'intégralité de la gastronomie de référence — française, japonaise, sushi, teppanyaki, cuisine internationale. Crown, le restaurant français de l'hôtel, est une table étoilée au Guide Michelin dont l'intérieur a été confié à Design Post Inc. — un espace de gastronomie française dans un cadre qui dialogue avec la tradition japonaise du lieu. Wadakura, le restaurant japonais signature, porte le nom du pont historique qui donnait accès au château d'Edo — ses murs ont été réalisés par l'artisan plâtrier Naoki Kusumi selon des techniques traditionnelles, et ses sols de tatami présentent un travail de bois en style naguri exécuté par des artisans locaux. Kanesaka, dont le chef Shinji Kanesaka est une référence du sushi de haute précision à Tokyo, est l'une des adresses omakase les plus recherchées de l'hôtel. Le Royal Bar, au rez-de-chaussée, a conservé son comptoir original de l'ancien Palace Hotel — un geste de mémoire dans un hôtel entièrement reconstruit. Le Palace Lounge sert l'afternoon tea avec un service en kimono.

Le Palace Hotel Tokyo est le premier hôtel japonais à avoir accueilli un spa Evian — un partenariat avec la marque d'eau minérale française des Alpes qui donne au spa son identité visuelle et conceptuelle : les pierres naturelles, les teintes de neige et de montagne, le silence de l'altitude reproduit dans un espace du cinquième étage avec des baies vitrées qui s'ouvrent sur les jardins impériaux et, par temps clair, sur la silhouette lointaine du Mont Fuji. La piscine intérieure — entièrement vitrée côté jardins — permet de nager en regard direct sur les douves et la verdure du Palais Impérial, une expérience sensorielle qui n'existe dans aucun autre hôtel de la ville. Forbes Travel Guide a attribué au Palace Hotel Tokyo sa distinction cinq étoiles pendant dix années consécutives, ce qui en fait l'un des hôtels japonais indépendants les plus récompensés de la dernière décennie. En 2016, il devient le premier hôtel à direction japonaise à obtenir cette distinction dans la catégorie hôtel du guide Forbes.

Le Palace Hotel Tokyo abrite environ mille œuvres d'art commandées spécifiquement pour l'établissement auprès d'artistes japonais contemporains — toutes inspirées par les thèmes de l'eau et de la nature qui définissent le site : les douves, les jardins impériaux, les saisons. Ce programme artistique n'est pas une décoration — c'est une décision éditoriale qui dit la façon dont l'hôtel pense son rapport au lieu et à la culture japonaise. La peinture traditionnelle à l'encre de la Chiyoda Suite — l'une des suites les plus demandées de l'hôtel — est l'une des rares œuvres à avoir été conservée depuis l'ancien Palace Hotel et à avoir traversé la reconstruction. Elle est le lien le plus direct entre l'hôtel de 1961 et celui de 2012 — un fil de mémoire artistique dans un bâtiment entièrement neuf.

L'adresse du Palace Hotel Tokyo — 1-1-1 Marunouchi, Chiyoda-ku — est littéralement la plus centrale de Tokyo : le numéro un, de la rue numéro un, du quartier numéro un de la capitale. Face à la porte Ōtemon du château d'Edo, au bord des douves du Palais Impérial, à huit minutes à pied de Tokyo Station et avec un accès direct souterrain à la station Otemachi. Depuis cette position, Ginza est à quelques minutes, Nihonbashi à quelques centaines de mètres, le Palais Impérial et ses jardins à hauteur de regard depuis les chambres. Marunouchi Naka-dori — l'avenue de luxe et de gastronomie qui relie la gare de Tokyo au quartier — commence pour ainsi dire à la porte de l'hôtel. Le Wadakura Fountain Park, créé en 1961 pour célébrer le mariage de l'Empereur Akihito et de l'Impératrice Michiko — la même année qu'ouvraient les portes du premier Palace Hotel — est face à l'hôtel, comme si les deux inaugurations avaient été pensées ensemble.

Le Palace Hotel Tokyo est l'un des très rares grands hôtels de luxe de Tokyo à rester sous direction entièrement japonaise et indépendante — Palace Hotel Co. Ltd., consortium privé fondé en 1961, n'appartient à aucun groupe hôtelier international. Cette indépendance est une décision stratégique et une affirmation identitaire : le Palace Hotel Tokyo revendique une hospitalité japonaise souveraine, qu'il résume dans la formule "The Finest of Japan" — le meilleur du Japon, par le Japon, pour le Japon et pour le monde. En 2016, il est le premier hôtel à direction japonaise à obtenir la distinction Forbes Travel Guide cinq étoiles dans la catégorie hôtel — une reconnaissance qui distingue une excellence indépendante des standards internationaux des grandes chaînes. Le Guide Michelin lui a également attribué trois clés, sa distinction la plus haute dans la catégorie hébergement. Parmi les hôtels de luxe les plus demandés de Tokyo pour les réceptions politiques et diplomatiques — sa proximité avec le centre du pouvoir japonais, institutionnellement et géographiquement, en fait une adresse de référence pour les événements d'État.